Cikal bakal Pemerintahan Desa Gemantar sudah ada sebelum Indonesia merdeka, fakta tersebut berdasarkan dokumentasi data tahun 1935 yang masih tersimpan di Kantor Desa Gemantar. Pemerintah Desa Gemantar saat itu dipimpin oleh seorang demang. Berdasarkan informasi yang bersumber dari tokoh masyarakat setempat bahwa pertama kali Desa Gemantar dipimpin oleh Demang Cipto Suwarno. Pusat pemerintahan berada di Dusun Gemantar RT 002 RW 001 Desa Gemantar, dan lebih dikenal dengan sebutan Dusun Tangsan. Cipto Suwarno merupakan warga Semarang (Jawa Tengah) yang ditugaskan oleh pihak Mangkunegaran sebagai demang di Desa Gemantar hingga masa penjajahan di Indonesia berakhir.
Pemilihan Kepala Desa (Pilkades) di Desa Gemantar pertama kali diselenggarakan pada tahun 1957. Hatmo Giyono yang awalnya sebagai juru tulis di era pemerintahan Demang Cipto Suwarno akhirnya terpilih menjadi kepala desa pertama di Desa Gemantar. Hatmo Giyono menjabat dari tahun 1957 s/d 1972 dengan Sekretaris Desa Gemantar Hatmo Wiyono. Kantor Desa Gemantar pada saat itu berada di kediaman kepala desa dan akhirnya pada tahun 1973 pindah ke Dusun Gemantar RT 001 RW 002, yang sekarang tanah tersebut berdiri bangunan KPRI.
Usai kepemimpinan Kepala Desa Hatmo Giyono, Selanjutnya Pemerintahan Desa Gemantar dikendalikan oleh PJ. Kades Soekardi hingga akhirnya terpilih menjadi Kepala Desa Gemantar sampai tahun 1990, dengan Susunan Organisasi dan Tata Kerja Pemerintah Desa Gemantar sebagai berikut :
| Kepala Desa | : | Soekardi |
| Sekretaris Desa | : | Y. Kadiyo |
| Jaga Baya | : | Saimo Darso Wiryono |
| Jaga Tirta | : | Paridi Warso Wiyono |
| PTD | : | Hery Trismiyanto |
| Modin | : | Darmo Sukaryo |
| Kader Kesenian | : | Pujo Purwanto |
| Pelayangan | : | Kadiman |
| Kadus Nanggan | : | Karso Rejo |
| Kadus Gemantar | : | Muridin Darmo Sutirto |
| Kadus Ngaliyan | : | Mugimin Hatmo Pawiro |
| Kadus Kenangan | : | Pawiro Semito |
| Kadus Blewah | : | Jayus Wiro Tirtono |
| Kadus Dukuh | : | Kasimo Atmo Wiryono |
| Kadus Bakalan Etan | : | Marto Wiyono |
| Kadus Bakalan Kulon | : | Reso Sentono |
Cikal bakal berdirinya kompleks perkantoran Pemerintahan Desa Gemantar berawal dari tukar guling / ruislag tanah lungguh dengan sebidang tanah dengan HM 00304 atas nama Wagiman Martodiharjo dengan luas ± 5.585 m² yang berlokasi di Dusun Gemantar Jln. Pandawa No.39. Setelah berhasil membangun kantor baru diatas tanah tersebut akhirnya pusat Pemerintahan Desa Gemantar diboyong ke kompleks perkantoran yang dipakai hingga sekarang.
Pemerintah Desa Gemantar selanjutnya di pegang oleh Sutarno dengan masa jabatan dari tahun 1990 s/d 1999. Pilkades berikutnya dimenangkan oleh Widodo, S.Ag. dan menjabat dari tahun 1999 s/d 2007. Pada saat itulah Sekretaris Desa (Sekdes) Y. Kadiyo purna tugas dan digantikan oleh Putut Hartopo melalui tes pada tahun 2002.
Kepala Desa Gemantar periode berikutnya adalah Sunarno yang menjabat dari tahun 2007 hingga sekarang. Pada tahun 2016, Sekdes Putut Hartopo ditarik oleh pemerintah daerah, dan jabatan sekdes berikutnya digantikan oleh Ibnu Purwanto melalui proses penataan.
Berikut ringkasan nama yang pernah menjabat sebagai Kepala Desa Gemantar :
- Hatmo Giyono; menjabat dari tahun 1957 s/d 1972
- Soekardi; menjabat dari tahun 1972 s/d 1990
- Sutarno; menjabat dari tahun 1990 s/d 1999
- Widodo, S.Ag.; menjabat dari tahun 1999 s/d 2007
- Sunarno; menjabat dari tahun 2007 s/d sekarang